辛酉年槐月十四日，欽差大人諸葛武候（孔明）：
「長空遠響震霆雷 遍野風生凜烈威 雲散鴛鴦芳草渡 風飄造化落殘枝
安行吳越南經北 家住瀟湘西復東 赤子丹心貫日月 崁荷能拔登高峰」
本廟肇始於民國七十年（1981），於「無極混元玄樞院」法會中，奉諸葛武候懿旨，啟建「無極天聖宮」，開基供奉無極混元三聖大天尊（玄玄上人、木公老祖、瑤池金母），並預示緣定赤崁、終將興盛。民國八十二年（1993），因緣遷離赤崁，神尊暫奉民宅，輾轉弘道，歷經多年奠基與發展。
乙酉年端月初一日，玄玄上人賜詩：
「今世玉燈傳聖玄 頒云軒光透明渝 懿承法然造汾陽 旨行無為得進三
定心明意達祥榮 局機造育壽綿綿 法心之果捨寸土 命源聖芳一蓮品」
民國九十四年（2005），玄玄上人再降懿示，賦予建廟重任，成立興建委員會，由玄渝郭三榮主任委員承接使命，重返赤崁覓地建院，同年奉旨晉陞為「無極混元聖玄院」。民國九十五年至九十七年（2006~2008），完成動土、遷宮、登龕升匾等重要儀程，正式立案，奠定道場根基。
本廟歷經諸多神蹟顯化、聖示降臨，靈應昭然，感通不息，足證此地為一方靈氣匯聚之聖境。 不僅為眾善信虔心依歸之所，更如心靈避風之港、能量涵養之源，使人於紛擾塵世中得以安定身心、重整氣運。爰此，歷年以來，諸神顯跡感應之事屢見不鮮，或夢中指引、或現前示兆，皆有跡可循、有感可證。今謹擇其要者，述其顯化因緣，以彰聖德、以啟信心——
民國九十九年（2010）七月二日，保安宮天上聖母降詩，預示本廟將顯神蹟。越一年，同月同日，本廟設香案未久，即發爐示現。經請示神明，得示由善心人士於中芸漁港購得颱風漂流之梢楠檜木，奉旨雕刻為三清道祖金身。其木天然中空分段，恰成三節，金身尺寸皆為三尺六寸八，正應三尊之數，天成地就，殊勝非常。此證靈應有感，聖示有憑，天上聖母預示在前，神蹟顯化於後，誠為天人感通之明證。
庚寅年蒲月廿一日，保安宮扶鸞， 天上聖母賜詩：
「無心勝有心 極光功名現 混雜心頭定 元始天尊降 聖心來救世 玄奇顯神威 院中神蹟現」
其後，辛卯年蘭月初七日，保安宮扶鸞， 木公老祖降詩聖示：
「吾喜，眾信團結而來，吾有九句金言：
無心之人心有定 極光上蒼已降旨 混亂之心不可有 元始天尊安民心
三聖齊顯有領旨 聖母相扶助玄院 大顯神蹟人心服 天旨降臨不可違 尊聖神威代代傳」
民國一〇一年（2012），殿宇未竟，鷹架猶存之際，玉皇上帝金身雖未彩繪，然靈兆屢現，昭示聖駕將臨。時玄渝一夕夢境，見鸞生引領至山頂廟殿，親睹跪拜於玉皇上帝前請示聖意。夢中輕觸鸞生，隨即驚醒。醒後心有所感，知其非凡，遂於翌日恭請三聖尊，以筊請示。未幾，內外金爐接連發爐，火光顯現，為聖駕臨降之明徵，靈應昭然。乃恪遵神示，依循科儀，提前恭迎聖駕。擇壬辰年端月吉辰，舉行開光、入火、安座大典，奉安金身，昭告天地。自此玉皇上帝降臨，廣施恩澤，庇佑群生，奠定信仰根基，靈應綿延不息。
民國一〇二年（2013），癸巳年臘月二十二日卯時(農曆十二月)，舉行金尊寶座暫遷安座大典。
民國一一一年（2022），正式登記更名為「無極混元聖玄院赤崁天公廟」，主祀無極混元三聖大天尊與玉皇上帝，並配祀諸天神聖，同降法筵、共護群生。本廟承續儒、道、釋三教同源之精神，融會貫通，化導人心；以儒立德、以道順天、以釋修心，三教合一，歸於至善。
自民國九十四年起歷經十八年籌建，於癸卯年臘月十三日（2024.1月）舉行慶成大典，完成安座、落成開廟門，呈現今日之建廟雛形。本廟承天命而建，緣起赤崁，匯聚眾神庇佑與十方善信之力，成為修心行善、祈福轉運之重要信仰據點。創建維艱，尚待十方善信共襄盛舉，隨喜贊助建廟基金，以續香火、廣結善緣。