基於一炁化生萬物萬靈之本質，崇敬任何一位神尊皆不離元始至尊至理。

老子說：「人法地，地法天，天法道，道法自然。」尊天敬神，實為尊敬天道運行之法則，並以此作為我們生活行事的準繩。赤崁天公廟主祀無極三聖尊與玉皇上帝，全廟共奉祀二十五尊神明。諸神所展現之正氣與慈悲，不僅值得敬仰，更是世人修身立德、效法學習之典範。

無極混元老祖玄玄上尊，亦稱作玄玄上人、混沌開天始祖、混元古佛，為宇宙在鴻濛未闢，萬物未生之前，乃太空中一團混元之炁，清淨經：「大道無形，生育天地，大道無情，運行日月，大道無名，長養萬物，吾不知其名，強名曰道。」道德經：「道生一，一生二，二生三，三生萬物」，玄玄上人一炁化二：東華至真之炁與西華至妙之炁，即東王公（亦稱木公老祖）與西王母（亦稱瑤池金母）共理陰陽兩氣，再由陰陽二氣衍化生育萬物。

道教最高神祇：元始天尊：道之本體，虛無自然；靈寶天尊：太上真詮，最高真理；道德天尊：三尊應世，萬法宗師。三清通於道、經、師「三寶」。《舉十方靈寶天尊》常觀三界聖，常聞妙法音，常聞道德香，精進行真道，俾罪花凋落而福果圓成，致善芽增長而惡根斷絕。三清為歸命禮，無上證真三寶指標也。

總轄三界（天上、地下、空間）、十方（四方、四維、上下）、四生（胎生、卵生、濕生、化生）、六道（天、人、魔、地獄、畜生、餓鬼），掌管一切陰陽禍福。上掌三十六天，下握七十二地，統管一切神、佛、仙、聖及人間與地府之事，為宇宙秩序與天道運行的最高主宰。每年有幾個特定日子，是向玉皇上帝參拜祈福的最佳良機：【天公生】正月初九，萬壽聖誕，慶賀吉祥。【天貺ㄎㄨㄤˋ日】六月初六，祈求大吉大旺，福澤綿長。【天赦日】每年約有5~7天，可透過誠心懺悔，為累世罪過求特赦。這些日子不僅是重要節氣，也提醒我們行善積德、淨化身心，回充能量的好時機！

三官大帝分別主掌天、地、水三界。天官大帝：賜福，保佑人間平安、福祿圓滿。地官大帝：赦罪，消除過錯與災障。水官大帝：解厄，解除困難與災厄。由於古代祭天多為皇室或受敕封的廟宇專權，百姓無法直接祭天祈福。所以民間演變出三界香爐，懸掛於家中廳堂，以三官大帝代行玉皇上帝之旨，掌管天、地、水三界，保佑家宅平安、福祿綿長。

道教信仰中，南斗星君與北斗星君同為掌管人生命數與時運的重要星宿神祇，合稱「南北斗」。俗語：「南斗註生，北斗註死。」其意並非單指生死終結，而是象徵人從出生、成長、運勢起伏，到年壽終期，皆在天道運行與星辰法則之中。

南斗星君：主掌「生籍」，負責記錄一個人在世時的福、祿、壽、善緣與際遇。南斗象徵賜福、延壽、添祿與人生轉機，常被奉為補運、轉運、增福添壽之星君。

北斗星君：主掌「死籍」，司管人的年壽長短、劫數關卡與生命轉折點。北斗並非單指死亡，而是掌控人生關鍵關口、消災解厄與壽數調整之權柄，故道教中常以禮斗、拜斗祈求消災延壽、趨吉避凶。

南北斗一生一死、一收一放，象徵天地陰陽運行之理。透過敬拜南北斗星君，乃是提醒世人修德行善、順天而行，以德配命，使命數趨於圓融。

本廟奉祀之文昌帝君與魁星夫子，源自四川梓潼七曲山「帝鄉祖庭」，法脈正源、根基深厚。為各界學子、進修之人，助學運、文運、官運順遂之神明。文昌帝君：祈願開慧增智、思路清明，處事圓融、貴人相助，使生活穩定、學業精進、投資或事業順遂。魁星夫子：以「點斗奪魁、金榜題名」聞名，象徵拔萃登第、獨占鰲頭。文衡聖帝（關聖帝君）：以忠義與智慧著稱，民間常言「過關斬將」，寓意在人生與學業關卡中破障前行、斬除阻礙。孚佑帝君：文運與科考護佑神，主司才思啟發、應試順利，助人於考場與仕途中穩健發揮。邱長春仙翁（丘處機）：全真教重要掌門、後世龍門派宗師，其一生修道實踐、改變命運，堪稱「以修行轉人生」之典範，主掌開蒙指引、人生方向與心性昇華。孔子：至聖先師，象徵端正品德、明辨是非與良好學習態度，為修身立德與求學之典範。本廟奉祀之孔子聖像，源自山東曲阜孔廟與日月潭文武廟，承續正統儒學精神，引領學子內修品德、外進學業。

釋迦牟尼佛：佛門證悟教主，示現成道，闡明覺悟之道，引導眾生離苦得解、明心見性。觀世音菩薩：以「聞聲救苦」為大願，隨感應現，慈悲護佑，救度眾生於苦厄之中。

福德正神：土地神也、地主引領、農作豐收、六畜興旺，聚落安定、更幫助百業旺盛、生意興隆、助人發財。虎爺：是本廟的鎮守神獸、百獸之王、陽氣鼎盛，象徵武勇威猛、能驅兇避邪、帶來吉祥富貴。

王天君：造形多為三眼，額上一眼即為「玉帝」加賜之「慧眼」，面紅如火炙，身披戰甲，手持「金鞭」，姿態威嚴赫立，雙目怒視，使得世間為非作歹之人，見之即心驚膽喪，不敢再為惡。中壇元帥（哪吒）：號稱「通天太師、威靈顯赫大將軍」永鎮天門，是神兵神將的統帥、也是五營神將的領首。五營神將：分別指東營九夷軍、南營八蠻軍、西營六戎軍、北營五狄軍、及中壇三秦軍。引領眾神兵抵禦邪魔妖惡，保護廟壇、神境或村莊。